W metodzie tej wykorzystujemy fale ultradźwiękowe o częstotliwości około 15 Hz. Pałeczki Legionelli i inne mikroorganizmy niszczone są za sprawą powstałych gwałtownych zmian prędkości i ciśnienia płynu.
Stosując te metodę łączymy ją również z dezynfekcją promieniowaniem elektromagnetycznym lub innymi technikami dezynfekcji chemicznej.